Algumas dessas pequenas civilizações exibiram facetas do que viria a se tornar à cultura egípcia antiga. Por volta de 5500 a.C. a agricultura tornou-se a principal fonte de alimentos, em particular no sul, ou Alto Egito. Trigo e cevada eram cultivados e armazenados em celeiros de diferentes formatos e tamanhos. Comunidades agrárias formaram-se para manter as fazendas.

Os costumes funerários também evoluíram para uma forma conhecida. Os mortos eram enterrados em cemitérios nos subúrbios das aldeias, longe dos vivos e das terras cultiváveis. Ferramentas e alimentos que eles teriam usado durante a vida eram enterrados junto com os corpos. Por volta de 4000 a.C., quando uma segunda cultura havia se estabelecido em Naqada, os túmulos evoluíram para câmaras subterrâneas, que eram supridas com objetos da vida cotidiana.

Outras convenções praticadas pelos primeiros egípcios incluíam o uso da malaquita como maquiagem para os olhos, a fim de reduzir o efeito do brilho do sol, e o uso de óleos côo perfume. As lanças de madeira, usadas por todo o período da história egípcia antiga para a caça, também eram usadas nos tempos pré-dinásticos.

Conforme as comunidades agrárias se desenvolviam em aldeias mais organizadas, líderes iam aparecendo, e algumas dessas aldeias alcançaram uma posição dominante. No Alto Egito, destacavam-se as cidades de Tinis e Nubt (Naqada), que eram ligadas a Seth, Deus da Destruição. No Baixo Egito, Perwadjyt (Buto) e Behdet (Apolinópolis) eram o centro do poder.